Usare un cavo da 12mm o 2 da 6mm è la stessa cosa ?

Sì

Confermo Luca ed aggiungo :
Se vuoi divertirti simulando la perdita dei tuoi cavi o vuoi sapere quale sezione di cavo risulta il miglior compromesso per le tue esigenze c'è questa utility messa a disposizione da NonSoloBolleDiAcqua scaricabile

Ciao e buone simulazioni
ElettroshockNow

Ottimo il programmino ! I risultati sono affidabili al 100% ? Nella tensione bisogna immettere quella reale di esercizio o quella nominale ? Cioè 12v o 18v nel caso di 36 celle ?

La tensione reale.. che nel caso di un impianto 12V sarà al massimo 15V circa in caso di equalizzazioni.
Se utilizzi un MPPT, credo tu debba tener conto della massima tensione generabile dai pannelli FV, quindi 18V

Si, penso di usare un MPPT. Pensavo a quello in firma, questo, in teoria potrei mettere fino a 6 pannelli in serie, cioè 108v. Così, per il mio impianto con 20m di "calata", me la posso cavare egregiamente con un 6mm che dissiperebbe solo un 1% a 2000w.
Il limite è nei 50A di carica delle batterie, che dovendo essere da 24v, mi limiterebbe a soli 1450w...ma un banco da 500ah lo dovrei caricare giusto con 50A, corretto ? Ma i regolatori di carica come si comportano di fronte a banchi di diverso amperaggio, danno comunque il loro massimo in carica ? O le batterie assorbiranno comunque un decimo della loro capacità ?
Se fosse così, durante l'insolazione massima, perderei sempre un 500w se non usati diversamente ?

Si la carica dovrebbe avvenire al massimo con un fattore di 1/10.
Il regolatore, soprattutto MPPT, cerca di produrre quanta più corrente possibile per ricaricare le batterie; questo significa che tu devi bilanciare la potenza dei pannelli e la capacità delle batterie, per non superare il fattore di carica corretto.
In fase di ricarica, le batterie assorbono tutto quello che il regolatore manda...
Tieni conto delle perdite, quindi non ti "avanzeranno" quasi mai 500W tondi tondi.. e cmq se tutto è bilanciato bene, quando l'insolazione è massima, soprattutto da questo periodo in avanti, avrai sempre degli sprechi..